A la fin du 19e siècle, le premier musée de La Chaux-de-Fonds se trouvait dans le bâtiment du Collège industriel, rue du Progrès 33 (aujourd’hui Bibliothèque de la Ville et école secondaire du centre Numa-Droz).
Ce musée était composé de collections de toutes sortes : tableaux, sculptures, animaux empaillés, fossiles, collections ethnographiques, objets et documents liés à l’histoire régionale, monnaies, médailles, etc. Le musée était destiné principalement aux élèves du Collège industriel et n’était ouvert au public que le dimanche après-midi.
En 1923, les collections d’histoire régionale et celles du médaillier ont été les premières à être installées dans un bâtiment séparé.